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九十九岛湾在九十九岛南部，被错综复杂的海岸线和众多的岛屿包围。暗礁、海藻场、海岸、沙滩、泥潭散布在此，环境多样，生物多样。九十九岛湾大水槽再现了近海到沿岸的自然环境及生物多样性变化，也是日本国内十分罕见的露天型水槽。大家可以在环形回廊里观察其形态。

九十九岛湾的远海处，注入了对马暖流，形成了在国内也是少有的丰裕的海流。回游鱼、鲨鱼、鳐鱼等种类丰富的鱼儿生活在此。沙丁鱼、竹荚鱼等鱼群通过回游而形成看似庞大的身体，来保护自己。

在九十九岛的岩床区，生长着茂密的海藻，形成了海藻场。小鱼小虾居住在此，形成了丰富的海源。

许多的生物都因为岩礁是安全场所，所以聚集在此。隐藏在岩石间的生物、还有在岩石间形成鱼群的生物，配合游动时的呼吸，感到危险时能立刻隐藏起来。拥有自己地盘的生物们，藏在岩石缝里窥视着对方。

在海岸线错综复杂的九十九岛，有许多波浪平静的入江，形成了孕育许多生物的自然沙滩。在海藻场有许多的生物在这里产卵、繁衍。夏季，海藻日渐枯萎的时候，小甘藻、海草等便逐渐繁盛起来。

在海岸边的石缝中，隐藏着海胆、海参、螃蟹等。还有在退潮时，浅滩里能看见小鱼小虾、寄居蟹等生物。在浅滩里，小型生物不用担心 被大型生物所袭击，是很好的藏身处。